工业自动化研究所是中国科学技术大学的校级研究机构，依托信息科学技术学院建设。研究所于1992年4月7日成立，创立研究所的首任所长是中国自动化学会常务理事、中国科学技术大学自动化系主任孙德敏教授（1992年4月-2005年4月担任所长），创立研究所的首任副所长是中国科学技术大学自动化系副主任沈廉教授。现任所长是国家教育部高等学校自动化专业教学指导委员会委员、国家广播电影电视总局科技委特邀委员吴刚教授（2005年4月起）。研究所现有教授2人，副教授2人，高级工程师1人，讲师2人，博士生3人，硕士生20人，工程硕士生4人。

工业自动化研究所坚持郭沫若校长制定、严济慈校长倡导的“红专并进，理实交融”的校训，坚持全心全意为人民服务的宗旨，坚持理论与实践相结合的学风，坚持走教育、科研、生产相结合的道路。

工业自动化研究所的研究方向：先进控制与优化。

工业自动化研究所的工程应用领域：新能源汽车、工业自动化、现代农业、网络流媒体、无线通信、嵌入式系统、环境监测与控制、光谱仪。

研究所目前承担国家自然科学基金课题、财政部/工信部/科技部联合组织的新能源汽车产业技术创新工程项目、国家水体污染控制与治理科技重大专项课题、科技部支撑计划和863计划课题、工信部电子信息产业发展基金重点项目、科学院知识创新工程课题、教育部985工程课题、企业委托课题，在研经费1000余万。

中国科学技术大学拥有“控制科学与工程”一级学科博士学位授予权，“电子与信息”领域工程博士专业学位授予权，“控制工程”领域工程硕士专业学位授予权。工业自动化研究所可以在“控制科学与工程”一级学科下设的“控制理论与控制工程”、 “网络传播系统与控制”两个二级学科招收博士生和硕士生，并且招收工程博士研究生、工程硕士研究生。研究所每年计划招收博士生1人，硕士生11人。